普利禪寺總體呈對稱布局，建築物皆依山勢一層層遞級而立。

洞山民宿：由國際著名設計大師登琨艷先生設計，依山而建，將現代元素與大自然完美融合。洞山民宿集住宿和文化活動為主要功能，它是洞山文化辦公所在地，共有三十幾個客房，可接待近百人。共有五層，包括活動中心，接待前臺，餐廳，謙之門，住宿區，禪堂等。洞山禪文化夏令營及周末禪活動便是在此舉辦。

天王殿：又稱彌勒殿，是普利禪寺內的第一重殿，殿內正中供奉著彌勒塑像，左右供奉著四大天王塑像，背面供奉韋馱天塑像。

大雄寶殿：為普利禪寺的正殿，也稱為大殿。大雄寶殿是是普利禪寺僧眾早晚功課集中修持的地方，殿中供奉本師釋迦牟尼佛。大雄是佛的德號，大者，是包含萬有的意思;雄者，是攝伏群魔的意思。因為釋迦牟尼佛具足圓覺智慧，能雄鎮大千世界，因此佛弟子尊稱他為大雄。寶殿的寶，是指佛法僧三寶。

韓國殿：應韓國曹洞宗信眾要求，韓國殿按照韓國佛教風格設計。殿內正中三尊佛像，為法身佛，化身佛，報身佛；殿內左側供奉著曹洞宗開山祖師良價及韓國曹洞宗世系祖師；韓國殿現主要作為寺廟法師唱誦及坐禪地。

居士樓：居士樓為寺院居士參演掛單之處，普利禪寺居士樓內有房間24間。

藏經閣：藏經閣為普利禪寺最年久建築，建於清朝，距今300多年歷史，全木制建築，榫卯結構，作為寺廟珍藏經書之地。

茶室：作為寺廟接待外賓之地。

上客堂：作为来访客人住宿及部分活动场所，上客堂拥有近三十个客房及一个活动室。

禪修中心：設有閉關的關房、閱覽室、健身室、瑜伽室、體閑區等。作為寺廟現代化理念的重要窗口，禪修中心建築面積一萬五千平米，可舉辦大型禪修、瑜珈、念佛等活動。